O artigo apresenta a tecnologia de Bibliotecas Codificadas em DNA (DEL), que permitiu avanços notáveis na identificação de hits por meio de testes eficientes de bibliotecas moleculares geradas combinatoriamente. Os ecrãs DEL avaliam a afinidade de ligação de proteínas por meio de leituras de sequências de moléculas marcadas com códigos de DNA únicos. No entanto, a correlação entre as afinidades de ligação e os dados de contagem sequenciados pode ser afetada por ruídos do processo complexo de geração de dados.

Recentemente, modelos computacionais têm sido utilizados para aprender as afinidades de ligação latentes associadas a esses dados de contagem sequenciados. Embora avanços tenham sido feitos com formulações probabilísticas, as abordagens existentes frequentemente usam apenas representações moleculares em 2D, limitando a capacidade de extrair informações relevantes.

A proposta do DEL-Dock combina descritores baseados em ligantes com informações espaciais em 3D, permitindo que o modelo aprenda sobre o modo de ligação real das moléculas. Os pesquisadores demonstram que o DEL-Dock é eficaz na remoção de ruídos dos dados de contagem DEL, resultando em pontuações de enriquecimento de moléculas que correlacionam melhor com as medições experimentais de afinidade de ligação.

1. Integração de dados espaciais em 3D para melhor modelagem.

2. Modelagem probabilística de dados de contagem.

3. Eficiência na seleção de poses de docking.

4. Redução de ruídos nos dados de contagem.

5. Melhor correlação com medições experimentais.

Além de melhorar a capacidade preditiva dos modelos, a abordagem DEL-Dock demonstra que pode aprender a selecionar poses de docking adequadas apenas com dados DEL, sem depender de estruturas cristalinas de proteínas, que são difíceis e caras de obter. Isso representa uma mudança significativa na forma como as bibliotecas moleculares podem ser analisadas e utilizadas.

- Aumento na eficiência da descoberta de medicamentos. - Potencial para novas aplicações em biologia e química. - Redução de custos em pesquisa e desenvolvimento.

As implicações da abordagem DEL-Dock são vastas, podendo não apenas acelerar a identificação de novos compostos e medicamentos, mas também democratizar o acesso a técnicas avançadas de modelagem molecular. A tecnologia pode abrir portas para inovações em diversas áreas da ciência, desde farmacologia até biotecnologia.

O DEL-Dock representa um avanço significativo no campo das bibliotecas codificadas em DNA, mostrando que a combinação de modelos computacionais modernos com informações espaciais pode levar a melhores resultados na identificação de moléculas com alta afinidade de ligação. Para ficar por dentro dessas inovações científicas, inscreva-se em nossa newsletter e acesse conteúdos atualizados diariamente.

FONTES:

1. arXiv

2. NASA ADS

3. Google Scholar

4. Semantic Scholar